Η Eλληνική περίοδος, περίοδος της ωριμότητας (1990-1997)
Με την επιστροφή της στην Ελλάδα, η Κανακάκη προχώρησε σταδιακά σε μια γλώσσα ολοένα και πιο εξπρεσιονιστική, που χαρακτηριζόταν από την αποσπασματική απόδοση της ανθρώπινης μορφής μέσα σε ένα άγριο, αφιλόξενο περιβάλλον, όπου κυριαρχούσαν τα έντονα κόκκινα και πορτοκαλί χρώματα, αλλά και τα χοντρά, μαύρα περιγράμματα. Η ίδια σημείωνε σχετικά: «Ζωγραφίζοντας, προσπαθώ να εκφράσω ένα συναίσθημα, να γεφυρώσω τη φαντασίωσή του με την πραγματικότητα. Γι’ αυτό κάνω και μεγάλα έργα. Λογικά, εγώ θα ήθελα τα έργα μου να πιάνουν από το ταβάνι μέχρι το πάτωμα κι από τη μια γωνία του τοίχου μέχρι την άλλη. Προσπαθώ να κάνω ένα χώρο εκεί, ανάμεσα στη φαντασίωση και στην πραγματικότητα που είναι για μένα μια ανάγκη κυριολεκτική. Αυτό, όμως ή άλλως, έχει έναν εξπρεσσιονιστικό χαρακτήρα». Και συνέχιζε: «όσο μεγαλώνεις πρέπει να έχεις λιγότερο αυτοέλεγχο. […] Όσο περισσότερο λειτουργεί το ένστικτο, το οποίο με τα χρόνια καθώς ζωγραφίζεις γίνεται παιδευμένο, αυτό βγαίνει στο έργο σαν ασυνείδητα. Όσο λοιπόν περισσότερο λειτουργεί το ένστικτο και λιγότερο η λογική, τόσο καλύτερο βγαίνει το έργο» (Χαρίτος, «Ηρώ Κανακάκη. ‘Εγώ είμαι η ζωγραφική μου…’», ό.π., σ. 53). Αυτές οι συνθέσεις της Κανακάκη χαρακτηρίζονται από έντονη συναισθηματική φόρτιση και ενίοτε αποκτούν ισχυρό αυτοαναφορικό χαρακτήρα, εικονογραφώντας μέχρι κάποιο σημείο και τις αγωνίες της ζωγράφου. Χαρακτηριστικά είναι τα μεγάλα ασπρόμαυρα σχέδια με κάρβουνο πάνω σε χαρτί, που εκτέθηκαν πρώτη φορά τον Ιούνιο του 1995 στους Στρατώνες του Καποδίστρια, στο πλαίσιο του δεύτερου Φεστιβάλ Άργους, σε μια εικαστική εγκατάσταση που είχε τίτλο «Η Κασσάνδρα και οι εκτελεστές της».
Η Ηρώ Κανακάκη πέθανε από εγκεφαλικό επεισόδιο, στις 14 Σεπτεμβρίου, σε ηλικία 52 ετών. Η ζωγραφική της διαδρομή διακόπηκε απότομα, σε μια στιγμή που διαμόρφωνε το προσωπικό της ύφος, με έντονη μνημειακή διάσταση.